Pilot 剧集编号：1x79 上映时间：1993-9-10

　　黛娜史卡利探员，联邦调查局学院的法医，一位理性的科学家，被召至调查局总部，布雷文斯主任要求她参与Ｘ档案的工作，与她共事的是外号“鬼魅（spooky）”的福克斯穆德探员，他喜欢追查不可思议的案件，使得联邦调查局伤透了脑筋。史卡利说：“您是要我拆穿Ｘ档案的假面具吗？”

　　穆德的办公室位于华盛顿总部的地下室，两人初见面便开始针锋相对，穆德认为，当传统与科学无法提供答案的时候，最后要诉诸于看似合理的怪诞幻想，而史卡利则认为，没有科学不能解释的东西，只是你还没有找到解答的方法而已。

　　穆德带史卡利前往俄勒冈州，调查一群高中生离奇的死亡案件，藉以考验她的能力。他安排了开棺验尸，却遭到当地验尸官的反对。果然，挖出来的尸体，是一种半人半猿的奇怪物体，史卡利在尸体的鼻腔之中发现了植入物。

　　当年这一班高中生在森林里遇到强光，每个人的背后皆有二个小红痘印记，他们找到了几名尚未死亡的高中生，其中比利与佩姬因为发生车祸，住在病院之中，比利形同植物人。佩姬则无法走路，穆德研判他们是遭外星人绑架做实验，如今实验不成，开始清除实验结果。

　　两人前往森林中找寻线索，却遭比利的父亲（当地的警长）赶走，但史卡利相信森林中必然发生了什么事情。

　　他们回到旅馆休息，却意外遇到停电了，史卡利在很乌龙的情况下与穆德的紧张的关系得以缓和，穆德告诉她，他有一个妹妹莎曼珊在八岁的时候遭到外星人绑架，这件事是他心中永远的痛，以及他对外星人、不可思议事件的追查、相信与执着，他希望有朝一日能够找回莎曼珊。

　　这时传来佩姬“跑到”卡车前自杀的消息，穆德与史卡利住的旅馆遭人放火烧毁资料，而其它受害者的尸体，皆被人抢先一步挖走，幕後黑手隐然出现，穆德与史卡利将如何应付……