白垩纪出现了一种可怕的病毒，感染者不断增加，克塞队受命紧急运送新型血清。但是另一方面，有着独霸白垩纪野心的九条博士觉得解决克塞队这块“绊脚石”的好机会，让手下将一个伪装成足球的干扰机连同着定时炸弹一起，混在慰问品中送进了飞船。飞行在亚空间途中，干扰源定点起动，克塞号受到影响偏离了轨道，自动操纵失灵，卷进亚空间的乱流中。过去失事飞船的大量残骸向飞船袭来，队长动用等离子炮轰击残骸，冲击力无意间震坏了干扰装置，并把克塞号送回了正确的轨道上。

　　察觉第一步计划失败，九条博士的手下伪装成了定居点的工作人员，从克塞队手中骗走了血清，并重新将启动的定时炸弹放在飞船角落里。发觉血清被骗，队长急令格吾和特兹迅速追回。克塞从人间大炮中发射，挡在了罪犯们的车前，一番搏斗后在吉普车撞山前从他们手里夺回了血清。见此情况，九条博士还不认输，他放出了自己制造的怪兽。克塞在不利的超电磁波环境中依旧保持旺盛的斗志，大战怪兽，同时飞船内队长发现了足球炸弹。特兹带着炸弹来到战斗现场，克塞一脚将它踢向怪兽和博士。害人反害己，九条博士就这样被自己的邪恶发明送进地狱。随着血清的及时抵达，病毒被有效的遏制，患者们一个个都转危为安，白垩纪也恢复了往日充满生机的景象。