近一段时间以来在 21世纪的东京连续发生落单行人遭绑架事件，而正在度假的格吾和阿尔塔夏也不巧遭到了来历不明的蒙面怪人的袭击。感到没有保护好阿尔塔夏，格吾深深的自责，发誓要找出凶手，于是带着吉伊不分昼夜地巡逻。终于有一天，格吾发现了犯罪嫌疑人乘坐的汽车，立刻不加犹豫地开车紧追过去。在一处偏僻的住宅内，跟踪到此的格吾和其余队员突然遭到了一个身强力壮的人造人的袭击。趁着人造人和克塞队在纠缠，蒙面人迅速发动了飞船，并开火打死了来不及逃脱的人造人，消灭了证据。经过克塞队的细致调查，罪犯的身份被确定为曾是世界知名解剖学者的仓持良一教授。

　　不久，克塞队接到在白垩纪出现大批恐龙尸体的报告，赶去调查的他们发现这些尸体全都残缺不全，而且每种恐龙最发达的身体部位都告失踪。谁都不会想到，博士的目的，竟然是要利用这些恐龙肢体和器官，来制造一头强大的人造恐兽弗兰肯 2号，向不重视自己学说的科学界展开报复。随着电闪雷鸣，可怕的弗兰肯2号睁开了血色的双眼。

　　凭借怪力，弗兰肯 2号首先开始袭击时代战士们。虽然击毁了仓持教授的时间飞船，可是格吾、特兹、毛利一个个都被人造恐兽打倒在地，形势万分危急。负伤的格吾撑着进入人间大炮，变身为克塞大战弗兰肯。经过激烈的厮杀，克塞在战斗中渐渐扭转乾坤，最后完全压过了弗兰肯，以一顿拳脚消灭了这个危害不小的人造恐兽。看到自己的心血付之一炬，精神崩溃的仓持教授最终跳崖自尽。