《英雄》第一季的故事发生四个月之后。

　　埃及首都开罗，一间听者寥寥的宽敞大厅里，Mohinder Suresh博士正在就人类进化理论发表演讲。他特别谈到，一种只在超能人中传播的病毒可以消除他们的超能力。如果去了超能人，社会也将失去进步的机会。演讲结束后，一个叫做Bob的人叫住了Suresh，他是个能将金属变成黄金的超能人。Bob向Suresh提供了一个在"公司"里进行研究的工作机会，Suresh犹豫之后答应了。

　　洪都拉斯，San Cristobal城外，Maya和Alejandro Herrera姐弟两人没命地奔跑着，一辆警车在后面紧紧追赶。他们已经赶了800公里的路，打算到纽约去见《生命进化》一书的作者Chandra Suresh博士，因为他们相信只有Suresh博士才能解释发生在他们身上的怪事。

　　加利福尼亚，Costa Verde镇，Noah（Bennett先生）带着Claire来到学校报道－－Claire四个月来第一次踏进学校的大门，面对陌生的环境，她不免有些紧张。Naoh告诉Claire，做人一定要保持低调，不该管的事情绝不要管，并再三强调：她的姓叫做Butler。最后，Naoh送给Claire一辆日产Nissan Rogue SUV当作生日礼物，Claire真是又惊又喜。

　　1671年，日本，Hiro被两方敌对的幕府武士夹在了当中，而突然发生的日食又使四周天昏地暗。就在此时，敌对的双方开弓放箭，Hiro只有令时间停止。它发现其中一名武士就是所谓的"剑圣" Takezo Kensei。眼看自己心目中的偶像要有危险，它立即将Takezo Kensei和自己一起传送到安全的地方。

　　纽约，侦探执照考试现场。Matt Parkman在犯罪实景测试中使用了自己的超能力，出色地完成了任务，正式成为纽约警局的一名警探。晚些时候，Matt来到学校接Molly回家，Molly的老师忧心忡忡地拿出Molly画的几幅画交给Matt。

　　Claire遵照Naoh的嘱咐，处处保持低调，却引起了同学West的注意。原来，这里的学生分成两派，一派被称为"机器人"，乖巧、听话、合群；另一派被称为"外星人"，独来独往，行事乖张。West将Claire当作"机器人"一派。与此同时，Maya 和 Alejandro 来到指定地点，准备偷渡国境进入美国。蛇头看上了Maya，想要留下她，空气顿时紧张起来。

　　Ando来到Kirby广场与Kaito Nakamura见面。多年来与儿子水火不容的Kaito现在终于明白了，儿子还是有药可治的，它现在耐心地等待Hiro回来。Kaito打开Ando带来的报纸时，一张自己的照片剪影悄然滑落，照片上用红笔画着一个大大的螺旋符号。Kaito立刻紧张地跳了起来，它说这意味着自己24小时之后就会死去。
Nathan Petrelli浑浑噩噩地回到家里，胡子拉碴，满嘴酒气，一副狼狈不堪的模样－－他仍然念念不忘四个月前失踪的弟弟Peter。母亲Angela正在收拾Peter的东西，打算尽快处理掉。Nathan离开后，Angela也发现了一张自己的照片剪影，上面画着和Kaito一样的符号。

　　Hiro把Kensei带到安全的地方，却发现此人并不是Kensei，而是一个为他打仗的雇佣兵。雇佣兵跑掉后，真正的Kensei出现了。让Hiro大感震惊的是，此人竟不是日本人，而是一个英国商人，他来到日本也不是为了什么荣誉，而是为了寻找发财的机会。

　　Noah上班迟到了，"Copy Kingdom" 公司的经理当众大声羞辱他，Noah只是点头接受，并不争辩。纽约，Matt向Molly询问她的梦境，但Molly拒绝说一个字。当Matt追问时，Molly变得异常激动，跑回了自己的卧室。

　　蛇头们停下了车，要求Maya和他们坐在一起，否则就将偷渡的费用提高一倍。Alejandro正想反抗，蛇头们将他打晕，带着Maya坐上车扬长而去，消失在丛林里。

　　学校的啦啦队长Debbie正在体育馆里羞辱一个动作不协调的队员，Claire为这个女孩辩护了几句，Debbie立即向Claire发难，要和她较量一个高难的跳跃动作。一开始Claire答应了，但想到父亲的叮嘱，她很快改变了主意。体育馆里的学生们散去之后，Claire试了一下那个动作，结果摔断了双腿。正当Claire的腿开始愈合时，West走进了体育馆……他看见了吗？

　　Noah干完活坐下来休息，老板又在一旁对他指手划脚。Noah抓过老板的手把他按倒在桌子上，警告他：从现在起，他想休息就休息，由他来定规矩。

　　Deveaux大厦楼顶，Ando力劝Kaito与追杀它的人进行战斗，不要坐以待毙。Angela出现，拿出照片剪影与Kaito进行比对。Kaito认为这是一个"自己人"干的，并说它想通过帮助Hiro"拯救世界"来"寻求救赎"。它问Angela："你怎么帮你儿子的？"

　　Hiro站在山岗上，惊骇地看着强盗在Otsu村烧杀抢掠，村民们四散奔逃。顷刻之间，Otsu村已被焚毁，但是Kensei并不关心。铁匠的女儿Yaeko怒气冲冲地斥责Kensei没有履行当初的承诺保护好村子的安全，并说要自己要一个人去救父亲。

　　"Butler"一家人尴尬地坐在一起吃晚饭。面对新的生活，他们谁也无法调整好心态。Suresh突然打来电话，Noah起身去接听。Suresh告诉Noah，他现在已进入"公司"内部工作，他们原来制定的"将'公司'搬倒"的计划正在稳步进行。

　　中美洲的丛林里，Alejandro追上了带走姐姐的卡车，目睹了吓人的一幕：车上所有人都死了，所有人眼中都流出怪异的黑色油状物。唯一活着的人就是Maya，她无法控制自己的超能力，并且因内疚和恐惧而感到痛苦不堪。

　　想要找个人说话的Claire拨通了生父Nathan的电话，但Nathan并没有像Claire希望的那样给她提供指导。Nathan转头看着镜子，镜子中竟然出现了一张被烧毁的、令人毛骨悚然的怪脸。片刻后Nathan再看时，怪脸不见了，只留下自己的镜像。此时，在Claire家的窗外，West漂浮在空气中，静静地看着她。在Claire注意到他之前，他转身飞走了。

　　Kaito在Deveaux大厦楼顶等候Ando带给它一把剑。Ando到来之前，一个男人出现在角落的阴影里，他衣服上的帽子遮着脸，让人看不清真面貌。"他们所有人当中，我从没想过会是你。"Kaito说。就在Kaito来不及准备的时候，这个人突然冲过去把Kaito推下了楼，刚刚赶到的Ando只有眼睁睁看着Kaito死去。

　　爱尔兰，科克港，一群小偷摸进了船坞，准备按原定目标进行偷窃。当他们找到正确的集装箱并将其打开时，突然发现 Peter Petrelli 瑟缩在在角落里，脖子上戴着螺旋符号的项链，手被铐在墙上。Peter看起来比这些贼更为惊讶，他不知道自己是谁，也不知道自己是怎么来到这里的。