在泰星实验室，内格在泰星探测器附近研制一种病毒的时候，不小心感染了这种恶性病毒。他的同事奇沙负责医学安全，但是在这种情况也没有办法挽救同事。即使意志强硬的佐阿，也对内格遇到的恐怖情况下束手无策。 布恩、 桑德沃和大安及时赶到实验室，亲眼目睹了内格的恐怖感染及死亡。由于无力对抗病毒的感染，内格身上的蓝色能量区域，开始逐渐出现深绿色的斑点，他的身体变得不再透明，并成粉末状了。泰星人在这次的生物攻击方面毫无防卫能力，布恩意识到整个人类也面临着危险。

　　布恩把这件事报告给 抵抗运动，他们也很害怕这次感染会牵连人类。多尔斯确信泰星人正在进行细菌战争的研究，内格就是在研究中不幸感染。布恩认为这病毒来自完全未知的领域，所以泰星人成了第一个受害者。

　　与此同时，另一场冲突爆发了。由于泰星人的到达，白人兄弟会的势力得到了加强。为了把他们的仇恨散布出去，他们选中了林肯山的社区作为目标。这个社区，是黑人牧师比利·米切尔选择一个废弃的军事基地，为贫困和无家可归的人建立的避难所，记者艾伯特·库勃把这一个社区的情况报道了出来。白人至上主义者，斯蒂文·伯顿和他的儿子查理一起策划了他们的袭击。这些白人至上主义者，冲到林肯山上，燃烧、抢劫并恐吓这里的居民。他们最终被抓住了，策划的下一起袭击事件也失败了。

　　贝尔曼和占卜一起对新的外星病毒进行分析， 抵抗运动希望能够利用这种病毒。同时，工作在泰星实验室的兄弟会成员，罗伯特·霍华德趁泰星人不备，偷出了这种致命的病毒。随即，他因为兄弟会的身份暴露，而被驱逐出实验室。攻击林肯山的人，被判决在林肯山里生活，进行社区服务。莉莉把其它的兄弟会成员，包括罗伯特押解到林肯山。兄弟会的人计划在社区里投放偷来的病毒，从而消灭整个社区。他们把病毒放进中心饮水器中，林肯山的人开始被感染。

　　只有几个小时，社区的居民开始发病。贝尔曼医生拼命工作，希望尽快研制出疫苗，但是因为病毒使空气传播的，爆发的速度使它已经不止局限在林肯山，甚至泰星飞船上也受到了感染。布恩、佐阿、桑德沃和 奎恩（布鲁克·约翰逊饰演）也都被感染，几个小时以后就会痛苦的死亡。林肯山需要被完全的隔离起来，否则病毒就在整个地球扩散。泰星人与地球人合作，泰星飞船飞到社区的上空，使用能量保护罩将社区隔离了起来。

　　不幸的是，泰星隔离行动失败了，病毒开始在全球传播。布恩忽然有了灵感，他使用他的 CVI 加速自己的新陈代谢，来生成第一批对抗病毒的疫苗。贝尔曼医生知道这种加速过程很容易杀死布恩，布恩实际上在用性命来赌。在布恩的身体生成疫苗之前，布恩似乎已经要死了，大安把他的手放到布恩身上，向他的身体传输能量。布恩活了下来。贝尔曼医生和莉莉在林肯山给病人们进行疫苗注射，疫苗被传送到世界各地，感染被中止了。贝尔曼医生甚至改变了疫苗，使它能够用在泰星人身上。很多泰星人，包括佐阿，都不情愿的接受了来自人类的疫苗。

　　地球人和泰星人为了对抗病毒，在一起工作。但是他们的合作是否改变了泰星人？几乎杀死双方的探测器，究竟来自何方？